使用指引 | Sharp Sword v3

使用指引

网络药理学工作流手册

利刃计划（Sharp Sword v3）将 TCMSP 拆方、ADME 清洗、靶点交集与 Cytoscape 导出包整合为一条可复用的项目工作流。本页保留开发、运维和平台边界说明；面向初学者的教程见 /learn。

从复方拆方开始查看学习专栏

标准工作流

中药拆方 → ADME → 靶点 → 拓扑 → 导出包。详见 docs/WORKFLOW.md。

00中药拆方TCMSP OB/DL

01ADME 清洗Lipinski

02靶点交集韦恩图

03拓扑分析PPI Hub

04导出Cytoscape ZIP

标准出包流程：复方 → 成分 → 靶点 → 网络图 → 导出包

利剑模块分步（00–04）

与各模块工作台一一对应，可按编号跳转实操。

模块 1 · 中药拆方

输入中药名，按 TCMSP 标准 OB≥30、DL≥0.18 与五规则筛选活性成分。

每行一味中药，支持复方多行输入
拆方结果含 MOL id 与 SMILES，可一键送入 ADME
平台会根据当前数据源返回候选成分，请以页面结果表为准

前往中药拆方

模块 2 · ADME 清洗

批量解析 SMILES / 药名 / MOL id，计算 MW、LogP、HBD、HBA 与 Lipinski 五规则。

支持 CSV/Excel 拖放与多行混合格式输入
日志流实时展示 PASS/FAIL，可全选后进入靶点交集
表格视图可折叠，适合核对 CAS 与溯源

前往 ADME 清洗

模块 3 · 靶点交集

选择预设疾病或导入自定义靶点，与所选化合物的药物靶点求交集。

韦恩图支持 SVG/PNG 导出与中英文标签切换
交集基因表可导出 supplementary CSV
完成后进入「下游分析」继续 Cytoscape 与富集

前往靶点交集

下游分析 · 网络与富集

Cytoscape 复方调控网络、PPI 拓扑与 Hub 基因、GO/KEGG 富集及结果导出（步骤 6–9）。

需先在模块 3 完成靶点交集
PPI 结果用于流程学习，正式论文请用 STRING 等外部平台复核
分子对接见页内延伸阅读

前往网络与富集

导出 · Cytoscape 懒人包

在「下游分析」页一键下载 network.csv + type.csv + README.txt，导入 Cytoscape 3.x。

在下游分析页「复方调控网络」区块点击导出
ZIP 内含导入说明，compound / target 节点可着色
详见下方 Cytoscape 导入指引

前往 Cytoscape 懒人包

TCMSP 手工流程 vs 自动化工作台

若您熟悉 TCMSP 官网操作，下表帮助您在本工具中找到对应步骤。

TCMSP 手工步骤	Sharp Sword 对应
打开 TCMSP 网站，搜索中药名	模块 1 输入中药名，点击「开始拆方」
手动设置 OB ≥ 30%、DL ≥ 0.18 筛选	滑块预设 TCMSP 官网口径，勾选五规则（HBA≤5）
逐条复制 MOL id 与 SMILES 到 Excel	拆方卡片展示 MOL id，「送入 ADME 清洗」自动预填
SwissADME 批量粘贴 SMILES 算 Lipinski	模块 2 异步 Job 批量计算，日志流显示 PASS/FAIL
STITCH / 文献查药物靶点，Excel 整理	模块 3 本地靶点库 + 预设疾病，自动求交集
手搓 network.csv 与 type.csv 导入 Cytoscape	模块 4「Cytoscape 懒人包」一键 ZIP 导出

标准流程：模块 1 拆方并筛选成分 → 模块 2 可选标准化 → 模块 3 靶点交集 → 模块 4 下游分析。

Cytoscape 导入指引

ZIP 包内容与后端 README.txt 一致，适用于 Cytoscape 3.x 标准导入流程。

在模块 3 完成靶点交集分析后，点击「下载 Cytoscape 导出包」下载 ZIP。
解压得到 network.csv、type.csv、README.txt。
打开 Cytoscape 3.x → File → Import → Network from File… → 选择 network.csv。
Source Node 选 Source，Target Node 选 Target，Interaction Type 选 interaction。
File → Import → Table from File… → 选择 type.csv，Key column 选 id，映射 type 到 Node 表。
Style → 按 type 字段映射节点填充色（compound / target / herb）。

network.csv 示例：

Source,Target,interaction,source_type,target_type,herb_sources
药材A,Quercetin,herb-compound,herb,compound,药材A
Quercetin,TP53,compound-target,compound,target,药材A

type.csv 示例：

id,name,type,herb_sources,compound_sources,target_sources
Quercetin,Quercetin,compound,药材A,,
TP53,TP53,target,,,Quercetin

节点类型：compound（化合物）、target（基因/蛋白）、herb（中药，三节点模式）。分步导入说明见项目 Cytoscape 工作流文档。